Nature Commun | GDCDC陆靖/孙立梅/李柏生揭示广东省防控政策改变后新冠病毒的流行模式和人群免疫状况变化
虽然世卫组织发布新冠疫情不再构成“全球突发卫生事件”，但COVID-19对全球卫生健康的影响仍然余波未尽，病毒仍在不断进化和变异。22年年底，我国新冠防控政策发生转变。2023年全国范围内先后经历两次大的Omicron变异株疫情。在缺乏大范围核酸检测的情况下，不同年龄人群的新冠感染情况及感染后的免疫水平变化缺乏准确的评估。
2024年8月15日，广东省疾控中心及广东省公共卫生研究院陆靖、孙立梅、李柏生团队，在《Nature Communications》杂志以长文（Article）发表了题为“Molecular epidemiology and population immunity of SARS-CoV-2 in Guangdong (2022–2023) following a pivotal shift in the pandemic”的研究论文。该研究以广东省为代表，通过新冠病毒基因组分子进化研究、人群血清流行病学分析，揭示了广东省两次奥密克戎疫情暴发前后，各年龄组的人群的感染及免疫状况，并探讨了人群免疫对新出现的奥密克戎变异株传播和突变的影响。
该研究依托2022-2023年SARS-CoV-2分子监测，对来自21个地市的6183份病毒阳性口咽拭子样本进行测序，最终获得5813条高质量的广东省新冠病毒基因组序列。同时通过GISAID平台获取了来自中国大陆其他地区32,142条及中国以外的1,078,904条新冠病毒基因组序列开展分子进化及变异分析。结果显示在政策调整后的两波奥密克戎疫情中，广东省主要以BA.5.2.48*和BF.7.14*变异株为主，与全球其他地区的变异株分布比较发现，中国大陆以外检测到的 BA.5.2.48* 和 BF.7.14* 谱系有限，表明该类别毒株在全球范围的疫情中传播的机会少，而由于快速的奠基者效应在国内持续传播。与XBB.1变异株相比，BA.5.2.48* 和 BF.7.14*在国内的持续传播并未形成稳定的适应性进化位点，这与国内人群快速建立较高的人群免疫屏障相关（图1）。
图1. 新冠病毒基因组分子研究
研究进一步收集了两次奥密克戎疫情前后的1696份血清样本。研究根据临床监测结果及基于磁珠法开展的污水流行病学监测确定了代表性的新冠毒株型别和疫情的动态变化。研究根据感染病例血清的中和抗体滴度构建ROC曲线，通过贝叶斯统计分析确定判定个体感染BA.5*及XBB.1*对应的中和抗体临界值。血清流行病监测结果显示在第一波BA.5*疫情后，人群约有90%以上发生过感染，在第二波XBB.1*疫情后，约30%以上人群发生过感染。按照中国大陆接种新冠疫苗政策的年龄进行分组，发现经历BA.5*感染后，18-59岁年龄人群的中和抗体滴度最低，而3-11岁低年龄人群在感染后对BA.5*及XBB.1*的抗体较其他年龄组高。这个可能是导致第二波XBB.1*疫情中，低年龄人群的感染率显著低于其他人群的重要原因。通过分析不同年龄组间的感染及中和抗体滴度情况，可进一步评估人群当下应对新冠的风险，为确定可能需优先关注或干预的“弱势”群体提供证据。
综上，该研究结合新冠病毒基因组分子研究及血清流行病学研究探讨了广东省在经历防控政策变化后新冠病毒传播的流行模式以及对人群免疫状态的影响，突显了病毒变异分布方面的显著区域异质性。而针对不同年龄组感染率和感染后的免疫反应差异将对制定有针对性的公共卫生干预措施提供重要数据。
广东省公共卫生研究院陆靖研究员、广东省疾病预防控制中心免疫所所长孙立梅和病原微生物检验所所长李柏生为该论文的共同通讯作者。广东省疾病预防控制中心李振翠、胡培、中山大学硕士研究生渠林、邱明和暨南大学硕士研究生杨明达为论文的共同第一作者。该研究得到了广东省自然科学基金、广州市科技项目和广东省科技计划的资助。
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-024-51141-y